路线一 · 自底向上“拼积木”
2012 年起源
全细胞机理模拟派（白盒方程派）
代表人物：斯坦福大学 Markus Covert 团队、伊利诺伊大学 Luthey-Schulten 团队
核心做法：把细胞里已知的每一个基因、蛋白质、代谢化学反应全部写成数学方程，按每秒一步在计算机里推演细胞怎么长大、怎么分裂。
奠基代表作：2012 年《Cell》发表世界上第一个全细胞计算模型（把生殖支原体全部 525 个基因装进 28 个模块）；2026 年推进到最小合成细胞 4D 全周期模拟与《Nature》虚拟酵母。
最大优点：因果过程完全透明，每个分子的来龙去脉都能解释清楚。
卡脖子难题：支原体只有 525 个基因还能凑齐参数；但人类细胞有 20,000 多个基因，绝大多数体内反应速率根本没法测准，方程列不出来。